基线是在没有减排活动时预计会产生的排放，是用于比较的基准。但是，如果对畜舍的平均甲烷浓度测量一个月并将其固定为基线，这一基线还能用于下一个季节吗？温度和湿度、通风运行、饲养头数、体重与生产阶段发生变化时，即使是同一农场也会呈现不同的排放模式。越是把基线当成固定数字，正常运行变化被误解为减排或增排的风险就越大。
良好的基线也不是可以随意移动的数字。如果根据结果改变基线期或校正变量，基线就会成为调整减排率的工具。需要的是允许条件变化、但事先固定规则的基线。必须明确哪些条件作为正常变化进行调整，哪些变化应作为项目边界改变而重新计算。
季节同时作用于动物和畜舍
季节变化改变的不只是室外温度。饲料质量与干物质采食量、饮水、热应激、生长和泌乳阶段、粪污储存条件以及风机和卷帘的运行都会一同变化。消化道发酵甲烷受摄入能量、饲料特性、动物类别和生产性能影响。IPCC的畜牧排放核算同样使用家畜特征、总能量摄入和甲烷转化率等变量；粪污甲烷则反映管理体系和气候条件的影响。
因此，畜舍夏季浓度低并不一定意味着甲烷生成量比冬季少。夏季风机转得更快时，同样质量的甲烷会被更多空气稀释。冬季减少通风可能使畜舍浓度升高，但判断总排放率还必须同时考虑饲养头数和采食量。如果仅以浓度基线跨季节比较，通风效应与生物排放效应就会混在一起。
季节性也会影响基线期的选择。如果2周基线期和2周使用期分别处于不同的天气区间，就难以区分处理效应与季节趋势。应尽可能设置同期对照组，并通过长期重复观测估计同一季节内的变化和季节间的变化。
通风会改变浓度，但本身不是排放源
在简单的完全混合模型中，室内浓度增量近似等于生成率除以通风量。在其他条件相同时，通风量增大，浓度就会下降。但在自然通风畜舍中，空气交换量本身就难以准确获知，风向、开口和温差会不断改变气流。这正是一个传感器点位的浓度下降不等于质量排放减少的原因。
必须把风机ON/OFF状态、转速、风阀和卷帘位置及门的开启状态记录在同一时间轴上。风机额定流量可能与实际流量不同。灰尘、皮带、静压和安装状态都会影响性能，因此需要现场确认或流量校准。对于自然通风，应记录风速、风向、室内外温差和开口状态，并评价所用方法的不确定性。
通风变化还可能通过间接路径改变动物行为与采食量。如果改善通风、缓解热应激后采食量和产量恢复，甲烷总量与单位产品排放强度可能朝不同方向变化。在把通风简单作为一个校正变量纳入之前，应先确定想要解释的路径。
饲养头数会改变总量和平均值的分母
如果饲养头数从100头减少到90头，畜舍总排放量降低是自然的。若把这报告为饲料的减排效应，就混淆了活动水平变化与排放强度变化。反之，只看单头排放量，也可能掩盖幼畜与成年畜、干奶牛与泌乳牛之间的构成变化。
因此，除简单的头数外，还应管理动物日（animal-days）。将每天的动物数量相加，可以更准确地表示频繁进场和出栏期间的活动量。还应在可行范围内关联家畜类别、体重、胎次、泌乳天数、产量、健康状态和采食量。IPCC在高级核算中细分家畜群，也是为了避免用一个平均排放因子抹平不同的生产性能与饲料条件。
分母应根据目的选择。农场的绝对气候影响可以表示为kg CH₄/期间，动物效率可以表示为g CH₄/头/日，营养响应可以表示为g CH₄/kg干物质采食量，产品效率可以表示为kg CO₂e/kg能量校正乳。不存在始终正确的单一指标；同时呈现总量与强度，才能减少把产量下降误认为减排的情况。
采用条件基线，而非固定基线
可运行的基线可以设计为三个层次。第一，原始基线，即干预前观测到的浓度、流量和排放量。第二，条件基线，即通过统计模型计算在季节、天气、通风、饲养构成和生产阶段相同时的预计排放。第三，报告基线，即符合所采用项目方法学允许规则的数值。即使内部分析模型非常精细，也不会自动等同于外部制度认可的基线。
原则上，模型只用基线期数据训练，使用后不改变规则。应保留变量定义、缺失值填补方法、异常值处理方式、模型版本和预测区间。若出现基线期未涵盖的极端高温或畜舍结构改变，应单独标记相应时段并审查重新设定基线的条件，而不是勉强外推。
GHG Protocol的基准年重新计算原则用于企业温室气体清单的时间比较。它不是直接规定农场项目排放基线方法学的规则，但在农场层面也可作为版本管理的参考原则，用于区分畜舍扩建、家畜群变化、测量方法替换等使边界或方法发生改变的事件，与日常运行波动。
执行检查清单
写明基线的目标指标、边界、期间和适用季节范围。
同步记录室外与室内温湿度、风速、风向以及风机、卷帘和门的状态。
记录每日饲养头数、动物日、家畜类别以及进场和出栏情况。
关联饲料配方、干物质采食量、产量和主要健康事件。
同时审查总量以及单头、单位采食量和单位产品的排放强度。
事先固定基线模型、变量、排除规则和重新计算阈值。
将畜舍结构、设备和测量方法的变化与日常波动分开进行版本管理。
对超出观测范围的条件，在给出预测值的同时标示较大的不确定性。
结论
甲烷基线发生波动，不只是因为传感器性能不佳。季节会改变动物的采食和生产以及畜舍运行，通风会稀释浓度，饲养头数和家畜构成会改变总量及其分母。没有记录这些信息的固定平均值便于比较，却难以解释。基线应是构建同等条件下反事实的规则；事先规定变量、模型和重新计算条件，并同时呈现总量与强度，才能区分减排效应与运行变化。